Quần đảo Virgin ban đầu có người Ciboney, Carib và Arawak sinh sống. Quần đảo được Christopher Columbus đặt tên trong chuyến đi thứ hai của ông năm 1493 để tìm Thánh Ursula và những con chiên trinh nữ của bà. Trên 300 năm sau, quần đảo bị nhiều thế lực châu Âu chiếm giữ bao gồm Tây Ban Nha, Anh Quốc, Hà Lan, Pháp, Các Hầu tước của Malta và Đan Mạch.

Công ty Đông Ấn Đan Mạch đóng bản doanh trên St. Thomas năm 1672, trên Saint John năm 1694, và mua Saint Croix từ Pháp năm 1733. Quần đảo trở thành thuộc địa Đan Mạch năm 1754, tên của quần đảo dịch sang tiếng Đan Mạch là Jomfruøerne. Mía đường, được sản xuất bởi nhân công nô lệ, đã giúp phát triển kinh tế quần đảo trong thế kỷ 18 và đầu thế kỷ 19 cho đến khi bị Thống đốc Peter von Scholten bỏ chế độ nô lệ vào ngày 3 tháng 7 năm 1848.

Cho đến hết thời gian cai trị của Đan Mạch, quần đảo không đứng vững về kinh tế và nhà nước Đan Mạch đã phải chuyển nhượng lớn ngân sách của mình đến cho chính quyền quần đảo. Có lần quần đảo được đem ra thương lượng mua bán với Hoa Kỳ vào đầu thế kỷ 20 nhưng thương lượng không thành. Một cuộc cải tổ được đưa ra với hy vọng làm sống lại nền kinh tế của quần đảo nhưng rồi không có kết quả mỹ mãn. Chiến tranh thế giới thứ nhất khởi sự khiến cho các cải tổ đi đến đường cùng và rồi để quần đảo bị cô lập và bỏ quên.

Trong giai đoạn chiến tranh có tàu ngầm thời Chiến tranh thế giới thứ nhất, Hoa Kỳ sợ rằng quần đảo có thể bị Đức chiếm đóng để làm căn cứ tàu ngầm nên đã dọ hỏi Đan Mạch bán quần đảo cho Hoa Kỳ. Sau mấy tháng thương lượng, hai bên đồng ý giá cả là $25 triệu. Vương quốc Đan Mạch ắt hẳn đã cảm nhận một áp lực nào đó nên đã nhận bán quần đảo vì nghĩ rằng Hoa Kỳ sẽ chiếm quần đảo nếu Đức xâm lăng Đan Mạch. Tuy nhiên cùng thời gian đó cũng vì gánh nặng kinh tế nếu tiếp tục giữ quần đảo đè nặng tâm trí các nhà hoạch định tại Đan Mạch, và một cuộc hội ý của hai đảng trong Quốc hội Đan Mạch cho kết quả là họ muốn bán quần đảo. Một cuộc trưng cầu dân ý sau đó được tổ chức cuối năm 1916 xác nhận quyết định bán với tỉ lệ cao. Cuộc mua bán như thế được phê chuẩn và làm xong thủ tục vào ngày 17 tháng 1 năm 1917 khi Hoa Kỳ và Đan Mạch trao đổi giấy phê chuẩn hiệp ước mua bán. Giá bán các đảo này là 25 triệu USD, được phía Mỹ trả bằng bằng đồng vàng (có giá trị 500 triệu USD theo thời giá hiện nay).[4]

Hoa Kỳ nhận chủ quyền quần đảo ngày 31 tháng 3 năm 1917 và lãnh thổ được đổi tên thành Quần đảo Virgin thuộc Mỹ. Dân cư sống trên quần đảo được cấp quyền công dân Hoa Kỳ năm 1927.